Prezydent RP na podstawie ustawy powołuje Przewodniczącego i członków SKOZK. Kancelaria Prezydenta RP zapewnia Komitetowi obsługę administracyjno-organizacyjną przez działające w Krakowie Biuro SKOZK. Prezydent RP ma zasadniczy wpływ na skalę pomocy Państwa dla procesu restauracji krakowskich zabytków, występując za pośrednictwem Rady Ministrów do Sejmu RP o ujęcie w ustawie budżetowej odpowiedniej dotacji dla znajdującego się w dyspozycji SKOZK Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Dotacja ta jest przekazywana Komitetowi za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP.

W ostatnich latach o połowę wzrosła ilość środków, jakie Państwo za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP przeznacza na odnowę zabytków Krakowa. W 2005 roku nakłady budżetu państwa na ten cel wynosiły 30,5 mln, w 2006 roku 37,5 mln, w 2007 roku 45,5 mln, w 2008 roku 44,3 mln złotych. Stanowi to co roku około 1/4 całości nakładów budżetu  państwa na Kancelarię Prezydenta RP. W latach 2009–2011 Kancelaria Prezydenta RP oddała każdego roku do dyspozycji SKOZK sumę 42,0 mln zł. Również w 2012 roku Kancelaria Prezydenta RP przekaże 42,0 mln zł na restaurację krakowskich zabytków. Kwoty przekazywane z budżetu państwa za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP pozwalają każdego roku prowadzić intensywne prace rewaloryzacyjne w ponad 100 obiektach zabytkowych na terenie Krakowa.